La FCA funciona desde 1981; inicialmente como Programa Académico de Agronomía (Resolución Nº 3897-83-CONAI del 05/12/1983), posteriormente como FCA (Resolución Rectoral Nº 435-96-UNSM/R, de fecha 19/08/96); y con Resolución N° 138-2008-UNSM/CU-R, del 10/12/08, se crea la sede Tocache. Cuenta con las escuelas profesionales de: Agronomía y Medicina Veterinaria. Se dedica buscar soluciones de los diferentes problemas que aquejan la actividad agro-pecuaria en la región, y formar egresados capaz de aplicar técnicas agrícolas, hacer investigaciones y estudios para el buen aprovechamiento de los recursos naturales de la Región San Martín.