La Facultad de Ecología con su Escuela profesional de Ingeniería Ambiental, con sede en la ciudad de Moyobamba, fue creada el 09 de Diciembre de 1994 cuando el Rector de la Universidad Nacional de San Martin mediante Resolución Rectoral N° 481-94-UNSM/R, encarga la dirección de la Facultad de Ecología al Vicerrector Académico. Las labores académicas se dieron inicio en junio de 1995, con una Decanatura encargada y siete miembros dentro de la plana docente. A partir del año 2009 cuenta con la Escuela Profesional de Ingeniería Sanitaria.

En la actualidad la Facultad de Ecología tiene 22 años y cuenta con las Escuelas Profesionales de Ingeniería Ambiental e Ingeniería Sanitaria, las cuales tienen el apoyo y están fortalecidas por el Departamento Académico de Ciencias Ambientales y Sanitaria, la Unidad de Investigación y la Unidad de Posgrado.