El Rectorado es el organo superior de dirección de la UNSM-T tiene las siguientes funciones:

• Preside la Asamblea Universitaria y el Consejo Universitario haciendo cumplir sus acuerdos.
• Dirigir la Actividad Académica y la Gestión Administrativa, Economía y Financiera de la UNSM-T.
• Coordina y dirige la formulación y elaboración de la Memoria Anual de la UNSM-T.
• Presentar al Consejo Universitario para su aprobación el Plan Operativo Institucional y su Memoria Anual de la UNSM-T a la Asamblea Universitaria.
• Refrendar los Diplomas de Grados y Títulos profesionales y de Distinciones universitarias, conferidas por el Consejo Universitario.
• Expedir las cédulas de cesantía, jubilación y montepio del personal docente, administrativo y de servicio de la universidad.
• Cautelar el cumplimiento de los principios, fines de la UNSM-T, así como hacer cumplir las normas contenidas en la Ley Universitaria, el Estatuto y Reglamento General y todas las Normas Internas Sancionadas por los Órganos de Gobierno.
• Las demás funciones y atribuciones que le otorgue el Estatuto y el Reglamento General de la Universidad.