El Rectorado es el órgano de alta dirección responsable de la dirección, conducción y gestión del gobierno universitario en todos sus ámbitos, que tiene las siguientes funciones:

• Dirigir la actividad académica de la universidad y su gestión administrativa, económica y financiera.
• Presentar al Consejo Universitario, para su aprobación, los instrumentos de planeamiento institucional de la universidad.
• Refrendar los diplomas de grados académicos y títulos profesionales, así como las distinciones universitarias conferidas por el Consejo Universitario.
• Expedir las resoluciones de carácter previsional del personal docente y administrativo
  de la universidad.
• Presentar a la Asamblea Universitaria la memoria anual, el informe semestral de gestión del Rector y el informe de rendición de cuentas del presupuesto anual ejecutado.
• Velar por la transparencia de la información económica y financiera de la universidad.
• Vigilar el cumplimiento de la Ley Universitaria N° 30220, el Estatuto, y todas las disposiciones legales relativas a la Universidad, así como las Resoluciones del Comité Electoral y optar por las recomendaciones del Tribunal de Honor.  
• Proponer al consejo universitario la conformación de comisiones especiales cuando sea necesario. 
• Las demás funciones que otorguen la Ley Universitaria y el Estatuto de la UNSM.